La plateforme SCIGNE est actuellement utilisée par une dizaine de laboratoires au niveau régional :
| Laboratoire | Status | Appartenance |
| Architecture et réactivité de l’ARN | UPR | CNRS / Université de Strasbourg |
| École et Observatoire des Sciences de la Terre | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Institut de physique et de chimie des Matériaux de Strasbourg | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Institut de Biologie Moléculaire des Plantes | UPR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Laboratoire de Chémogénomique Structurale | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Laboratoire de Génétique Moléculaire Génomique Microbiologie | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Laboratoire d’Infochimie | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Groupe AGATA (IPHC) | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Groupe ALICE (IPHC) | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Groupe CMS (IPHC) | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Groupe Ecophysiologie Evolutive (IPHC) | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Groupe Imagerie Biomédicale (IPHC) | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Groupe LSMBO (IPHC) | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |
| Groupe Physique théorique (IPHC) | UMR | CNRS / Université de Strasbourg |